Au sein de l’Université de Mahajanga, l'Ecole Doctorale Ecosystèmes Naturels représente la recherche dans le domaine faunistique et floristique des différents écosystèmes naturels. Elle comprend deux équipes d’accueils :
- Equipe d’accueil n°1 intitulé : Biodiversité animale, écologie et conservation.
- Equipe d’accueil n°2 intitulé : Biodiversité, agroécologie, évolution et systématique des embryophytes.

Comme l’institution support, qui est l’Université de Mahajanga, se trouve à l’ouest de Madagascar, les programmes de recherches seront focalisés à l’ouest et dans le nord-ouest de Madagascar, sauf pour certaines spécificités particulières, des équipes de Mahajanga, justifiées dans les publications et travaux de recherches évoqués dans le présent document. Parmi ces spécificités, on peut citer les macrophytes des écosystèmes aquatiques d’eaux douces, l’écologie microbienne, le groupe des Ptéridophytes de Madagascar, les rongeurs tels que le genre Microcebus,etc.